Ważną część krajobrazu Zaborskiego Parku Krajobrazowego stanowią jeziora, których powstanie wiąże się ze zlodowaceniem bałtyckim. Różnią się one pomiędzy sobą wielkością – są wśród nich małe śródleśne oczka wodne, ale również Jezioro Charzykowskie o powierzchni 1 363,8 ha. Zajmuje ono 7. miejsce pod względem wielkości wśród jezior Pojezierza Pomorskiego oraz 21. wśród jezior Polski w ogóle. Wielkość Jeziora Charzykowskiego stanowi tu jednak wyjątek, a zdecydowana większość zbiorników wodnych jest małych rozmiarów. Na terenie parku najcenniejszymi przyrodniczo są jeziora lobeliowe i dystroficzne.

Szata roślinna Zaborskiego Parku Krajobrazowego charakteryzuje się dużym zróżnicowaniem. Park swój wyjątkowy krajobraz zawdzięcza licznym zbiornikom wodnym oraz dużej lesistości – lasy zajmują ok. 63% całej powierzchni. Zbiorowiskami dominującymi w lasach są bory sosnowe, ale występują też niewielkie fragmenty lasów liściastych. Charakterystyczną cechą Borów Tucholskich są torfowiska, które licznie znajdują się w Zaborskim Parku Krajobrazowym, stanowiąc jeden z bardziej interesujących elementów jego przyrody. Można w nim znaleźć cały przekrój torfowisk – od niskich z dobrze zachowanymi mechowiskami (położonymi w dolinach Brdy i Zbrzycy) poprzez przejściowe aż do torfowisk wysokich.