Kamień węgielny pod budowę kościoła położył sam Jakub Wejher wraz ze swoją małżonką Anną Elżbietą. Świątynia została poświęcona w 1651 roku i nadano jej tytuł św. Anny – można przypuszczać, że było to powiązane z imieniem żony Wejhera.

Wejherowski kościół klasztorny jest kościołem typu gotyckiego z nałożeniem dekoracji barokowej. Ołtarze zostały wykonane w prostych formach barokowych i pochodzą z XVIII wieku. Ołtarz główny Ukrzyżowania Jezusa jest dębowy i cały politurowany, umieszczono w nim relikwie męczenników: Leontego, Marcelina i Fausta. Prawie pod całym kościołem są nisko sklepione podziemia, w których znajdują się krypty grzebalne rodziny Wejherów, Przebendowskich, zakonników i dobrodziejów. W nich też urządzono cześć muzealną prezentującą pamiątki po założycielach.

Cudowny Obraz Matki Bożej Wejherowskiej pochodzi z II połowy XVII wieku i stanowi najcenniejszy skarb Wejherowa. Znajduje się on w prawym bocznym ołtarzu kościoła. Jest to obraz olejny namalowany na płótnie. Przedstawia postać Maryi, która na lewej ręce trzyma Dzieciątko Jezus, zaś w prawej złote berło. Jej prawe ucho jest odsłonięte tak, jakby słuchała próśb wiernych, którzy się do niej zwracają. Siedzące na ramieniu Madonny Dzieciątko, trzyma w prawej ręce czerwoną różę, a lewą podtrzymuje błękitne jabłko królewskie. Obraz Matki Bożej Wejherowskiej został ukoronowany przez papieża Jana Pawła II w Sopocie w 1999 roku.