Pierwsza wzmianka dotycząca parafii borzyszkowskiej pochodzi z 1352 roku. W 1721 roku w Borzyszkowach był wielki pożar, podczas którego spaliła się prawie cała wioska oraz kościół. Nową świątynię (stojącą do dziś) poświęcono w 1723 roku, a prace wykończeniowe trwały do 1726 roku.

Wśród wiernych przekazywana jest następująca legenda: „po pożarze kościoła ludzie byli zdania, iż miejsce, gdzie stała świątynia, jest felerne, trzeba zatem kościół parafialny postawić w innym miejscu. Spory w sprawie nowej lokalizacji zakończyć miało następujące wydarzenie: na Świętego Jana (24 czerwca) spadł śnieg na miejscu spalonego kościoła. Społeczność odczytała to wydarzenie jako znak, iż nowa świątynia winna stanąć na dotychczasowym miejscu.”